107南通鑫老大牧业有限公司与如东县环境保护局行政处罚一审行政判决书
江苏省如皋市人民法院
行 政 判 决 书
（2018）苏0682行初107号
原告南通鑫老大牧业有限公司，住所地如东县马塘镇王渡村3组。
法定代表人吴国贤，总经理。
委托代理人刘春晖，江苏正东律师事务所律师，特别授权。
委托代理人施长松，江苏奔月律师事务所律师，特别授权。
被告如东县环境保护局，住所地如东县掘港镇泰山路26号。
法定代表人张必如，局长。
出庭负责人何爱明，副局长。
委托代理人姚丽华，如东县环境保护局法宣科科长，特别授权。
委托代理人张捷，江苏南黄海律师事务所律师，一般代理。
原告南通鑫老大牧业有限公司（以下简称鑫老大公司）不服被告如东县环境保护局（以下简称如东县环保局）行政处罚，于2018年8月2日向本院提起行政诉讼。本院于当日立案受理，并向被告送达了起诉状副本和应诉通知书，本院依法组成合议庭，于2018年10月11日公开开庭审理了本案，原告鑫老大公司的法定代表人吴国贤及委托代理人刘春晖、施长松，被告如东县环保局副局长何爱明及委托代理人姚丽华、张捷到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
被告如东县环保局于2018年5月31日作出东环罚停产字〔2018〕4号《责令停产整治、行政处罚决定书》（以下简称处罚决定书），认定：鑫老大公司利用违法的排污口、渗坑等逃避监管的方式超标排放猪粪液污染物的行为违反了《中华人民共和国环境保护法》第四十二条第四项和《中华人民共和国水污染防治法》第三十九条之规定，鑫老大公司未采取措施防止排放恶臭气体的行为违反了《中华人民共和国大气污染防治法》第七十五条之规定，对第一个违法行为，依据《中华人民共和国水污染防治法》第八十三条第三项和《环境保护主管部门实施限制生产、停产整治办法》第二条、第六条第（一）项之规定，决定责令鑫老大公司停产整治，处罚款人民币二十四万元，对第二个违法行为，依据《中华人民共和国大气污染防治法》第一百一十七条第八项之规定，决定责令鑫老大公司改正违法行为，立即采取措施防止恶臭气体的排放，处罚款人民币四万元，对两个违法行为合并处罚：1、责令鑫老大公司停产整治；2、责令鑫老大公司改正违法行为，立即采取措施防止恶臭气体的排放；3、处罚款人民币二十八万元整。
原告鑫老大公司诉称，原告将养殖场出租给徐留根养猪，根据“谁污染，谁治理，谁承担责任”的原则，原告不是适格的被处罚人；被告作出的处罚决定书认定原告对荡胜河造成环境污染、责令停产整治决定的事实不清，主要证据不足，养殖场已投产使用的污水处理设施是1800平方米的异味发酵床，养殖场生猪粪便经该设施处理并向外排放至荡胜河；被告作出处罚决定所依据的监测报告、现场取证照片、视听证据、现场检查（勘察）笔录、调查询问笔录不符合行政诉讼证据规则的要求，不能作为认定养殖场存在违法排污的证据，监测报告的取样点涉嫌钓鱼执法；没有证据证明养殖场排放恶臭气体；处罚决定违反国家政策规定，侵害了养殖场的合法权益，处罚具有不合理性以及大额罚款目的的不正当性；对养殖场同一事件存在一事二罚；处罚决定适用法律错误。请求法院依法判决撤销被告于2018年5月31日作出的东环罚停产字〔2018〕4号《责令停产整治、行政处罚决定书》，并由被告承担诉讼费用。
原告向本院提交证明其主张的证据如下：
一、证明被处罚主体错误的证据
1、如东县环保局东环罚字〔2018〕148号文件，证明处罚对象是承租人，而非出租人。
2、如东县环保局东环罚字〔2018〕247号文件，证明内容同上。
3、下载的文章：养猪场养猪污染环境该处罚谁？证明谁污染，处罚谁。
4、如东县市场监管局〔2017〕第808号、〔2018〕第524号文件，证明原告公司早被列入经营异常名录，非正常企业。
二、2017年12月份原告单位新购的发酵床电表电量记录，到2018年3月底用电度数是33163度，证明原告发酵床是正常运转的。
三、航拍照片，证明向荡胜河疑似排污单位有多家，不仅仅是原告单位。
四、恶臭污染物厂界标准，证明界定恶臭污染应当量化，不能仅凭感官气味。
五、省农委、省环保厅〔2017〕第2号公告，证明畜禽养殖规模标准应该是生猪存栏200头以上，即原告单位达到了存栏数，应适用畜禽规模养殖污染防治条例，即便有污染也应该适用该法规处罚。
六、2017年11月22号原告与徐留根签订的猪场租赁合同；2018年4月20日原告与徐留根签订的房屋租赁合同补充协议，证明猪粪污染的处理责任人是租赁人徐留根，而不是原告单位。
被告如东县环保局辩称，被告对原告作出行政处罚是正确履职行为，主体适格；被告对原告作出的行政处罚事实清楚、查处程序合法；被告对原告的行政处罚适用法律准确、处罚金额适当。原告的诉讼理由不能成立。原告不仅是该养殖场所的所有者，领取过工商营业执照，以公司名义办理了建设项目环境影响登记表备案手续，在与徐留根签订的合同中还明确了为承租人徐留根处理猪粪污，故应将原告作为利用违法设置的排污口、渗坑等逃避监管的方式超标排放猪粪液污染物，未采取措施防止排放恶臭气体的两个环境违法行为的处罚主体。被告现场采样的执法人员通过相关采样上岗证考试，并持有采样资格证书，采样程序合法。被告不存在一事二罚的情形。被告作出的行政处罚决定证据确凿，认定事实清楚，适用法律法规正确，符合相应的法律程序。请求法院依法驳回原告的诉讼请求。
被告如东县环保局向本院提交了证明行政行为合法性的以下证据：
一、职权依据
1、《中华人民共和国环境保护法》第十条
2、《中华人民共和国水污染防治法》第八十三条和《环境保护主管部门实施限制生产、停产整治办法》第二条、第六条
3、《中华人民共和国大气污染防治法》第一百一十七条
4、如东县环境保护局统一社会信用代码证书复印件
证明被告对原告有监督检查权，有权对检查发现的环境违法行为实施行政处罚。
二、事实证据
1、被告执法人员2018年3月28日在原告处制作的现场检查（勘察）笔录1份
2、被告执法人员2018年3月28日在原告处现场拍摄的取证照片数张
3、被告执法人员2018年3月28日对原告法定代表人吴国贤制作的调查询问笔录1份
4、被告执法人员2018年3月28日对原告东区四栋猪舍承租人徐留根制作的调查询问笔录1份
5、吴国贤、徐留根的身份证照片打印件各1份
6、徐留根与原告签订的猪场租用合同1份
7、如东县公安局2018年3月29日对徐留根制作的询问笔录1份
8、如东县公安局2018年3月28日对徐玉才制作的询问笔录1份
9、如东县环境监测站2018年3月29日出具的（2018）环监（水）字第（085）号监测报告1份
10、原告2017年以来生猪出栏检疫记录单数份
11、原告单位生猪养殖场建设项目环境影响登记表1份
12、在国家企业信用信息公示系统查询的原告单位工商信息1份
13、被告执法人员2017年7月3日对原告法定代表人吴国贤制作的调查询问笔录1份
14、现场拍摄的视频1份
15、被告执法人员张小飞、于艳婷环境监测上岗证各1份
16、被告执法人员张小飞、于艳婷的执法证各1份
证明被告对原告实施的行政处罚决定事实清楚，原告存在利用违法设置的排污口、渗坑等逃避监管的方式超标排放猪粪液污染物；未采取措施防止排放恶臭气体的两个环境违法行为。张小飞、于艳婷具有采样资格，可以进行现场采样。
三、执法程序
1、环境违法行为立案审批表1份
2、案件调查报告1份
3、环境行政处罚案件呈批表1份
4、案审会记录2份
5、行政处罚事先（听证）告知书及起草稿各1份
6、行政处罚事先（听证）告知书送达回证1份
7、责令改正违法行为决定书及起草稿各1份
8、责令改正违法行为决定书送达回执1份
9、听证申请书1份
10、行政处罚听证通知书及起草稿各1份
11、行政处罚听证通知书EMS快递单和快递网上查询打印单
12、行政处罚听证会笔录1份
13、听证会上提供的授权委托书、律师身份证明、申请证人参与听证书、四名证人的身份证复印件
14、被告执法人员跟踪检查照片1张
15、徐留根提供的情况说明1份
16、原告提供的房屋租赁合同补充协议2份
17、原告提供的猪场整改措施及情况书1份
18、原告提供的整改照片数张
19、原告公开致歉承诺书申请书及潘爱民身份证照片1份
20、如东日报上刊登的原告公开致歉承诺书1份
21、行政处罚决定书及起草稿各1份
22、行政处罚决定书送达回证1份
证明被告对原告作出的行政处罚程序合法，对该案件依法经过了立案、调查、呈批、集体讨论、制作行政处罚事先（听证）告知书并送达、制作行政处罚听证通知书并送达、召开行政处罚听证会并制作行政处罚听证会笔录、制作行政处罚决定书并送达等程序。
四、法律适用
1、《中华人民共和国环境保护法》第十条、第四十二条第四项
2、《中华人民共和国水污染防治法》第三十九条、第八十三条第三项和《环境保护主管部门实施限制生产、停产整治办法》第二条、第六条
3、《中华人民共和国大气污染防治法》第七十五条、第一百一十七条第八项
证明原告利用违法设置的排污口、渗坑等逃避监管的方式超标排放猪粪液污染物的行为违反了《中华人民共和国环境保护法》第四十二条第四项和《中华人民共和国水污染防治法》第三十九条之规定，被告依据《中华人民共和国水污染防治法》第八十三条第三项和《环境保护主管部门实施限制生产、停产整治办法》第二条、第六条（第一项）之规定，责令原告停产整治；处罚款人民币二十四万元整，适用法律正确。原告未采取措施防止排放恶臭气体的行为违反了《中华人民共和国大气污染防治法》第七十五条之规定，被告依据《中华人民共和国大气污染防治法》第一百一十七条第八项之规定，责令原告改正违法行为，立即采取措施防止恶臭气体的排放，处罚人民币四万元整，适用法律正确。
经庭审质证，原告鑫老大公司对被告如东县环保局提供的证据发表质证意见认为，对职权依据无异议，但不能证明如东县环保局对案涉人员有调查职权。对执法程序，听证中被告没有向原告提供，不排除是被告在诉讼中补充的。对事实证据的1-3中涉及吴国贤的签字，不是当事人的，而是在场人的签字；数张现场照片的真实性无异议，但不能证明案涉养殖场有违法排污的行为，照片中显示的管道是案涉养殖场正常雨水的排水口，不是用来排放猪粪的。照片中被告工作人员取样，其是在启动刮粪板后，蓄粪池中的猪粪溢到1、2号口之后取样的，不是案涉养猪场正在排放液体时的取样，该取样的化验鉴定结果不能作为案涉养殖场违法排污的证据，照片中显示的案涉养殖场异味发酵床是客观真实的，证明案涉养殖场有符合国家要求和标准的固定设施，完全有能力消化案涉养殖场所产生的猪粪，对所产生的猪粪进行处理。且听证中，听证申请人也向被告举证用电电表度数，证明设备是正常使用，不是应付检查的。对证据4，以证人到庭作证为准。对证据5、6无异议，能证明原告不是行政处罚的相对人。对证据7、8合法性有异议，原告认为如东县公安局无权对徐留根调查，不能作为本案证据材料。对证据9真实性有异议，因为该鉴定报告依据的取样并不是对案涉养殖场正在排放的液体进行取样，这种鉴定不能作为案涉养殖场违法排污的证据。对证据10，原告不清楚，从没有由原告处理。对证据11、12无异议，证明原告经营范围是山羊养殖。对证据13，尊重法定代表人当庭陈述。没有看到证据14，无法质证。对证据15、16真实性无异议，但不能证明两位工作人员有取样资格。执法程序1无异议，程序2没有事实证据证明案涉养殖场违法设置排污口、渗坑，程序3、4在听证中没有看到，何时形成不清楚，程序5-11无异议，程序12客观反映了申请人所说的第一点即原告主体不适格，第二点即被告在取证时涉嫌钓鱼执法，刻意在启动刮粪板后，以猪粪溢出蓄粪池后取的样作为鉴定依据，其实被告的取样和被告工作人员直接到蓄粪池里取样没有两样，很清楚的是被告并没有在案涉养殖场进行液体排放时取样再化验，液体排放时取样化验才能证明排放的液体是否超标。听证笔录也显示养殖场邻居能证明被告材料中显示的排水沟中的污染是由更多的养鸡户、养羊户、养猪户多年来污染形成的，且两位证人没有证明案涉养殖场有任何排污行为。程序13无异议。程序14对真实性无异议。对徐留根的情况说明无异议，其上清楚地说明养猪户徐留根2月26日发现有问题后就立即处理，用泥土封死。租赁合同和补充协议的真实性无异议，该两份协议能说明承租的徐留根是具体养猪的，而原告仅仅是将房屋出租给养猪户养殖，原告收取租金，且合同中明确环境卫生等责任是承租人，其负责维护养护，租赁合同中12条约定“养猪户注意公共卫生，粪污不进行处理直接进行排放的，将终止合同”，与补充协议第十条一起也能证明原告主体不适格，不是处罚相对人。执法程序17-20是在听证后法制科对原告的法定代表人做工作，只要原告配合，就不处罚或相应减轻处罚。并起草了公开致歉承诺书、申请书，要求原告法定代表人加盖公章，被告出费用在如东日报上公开致歉。即17-20不能证明案涉养猪场违法排污的事实。对21、22无异议。对法律适用，原告认为本案应适用畜禽规模养殖污染防治条例，也就是说如案涉养殖场确有违法排污行为，处罚也只能在5万元下。
被告对原告所举证据发表质证意见认为，1、对原告举证的猪场租赁合同真实性没有异议，这份合同表明徐留根租赁的原告公司包括猪舍养殖设施、环保设施等，是经营权的租赁，对外仍是以原告名义经营的，合同的12条约定的费用中也包括污染废物的处理，证明是由出租方进行污染物的处理，所以结合本案其他证据证明以原告作为处罚对象是适当的。2、对原告所举的被告所作两份行政处罚决定书，真实性认可，需要说明两份行政处罚涉及的租赁关系是两个自然人的租赁关系，实际经营和环境污染的主体是承租人，因此，这两个环境违法行为中，我们以承租人作为被处罚对象是适当的，与本案处罚主体不一样，原告以此证明本案主体不适格，不能达到证明目的。3、原告提供的是文章，不是有效证据，不能作为证据采信，更不能证明原告所主张的主体不适格的观点。本案根据被告调查和认定，环境违法行为是原告所为。4、市监局的两份决定书的关联性和真实性无法判断，不予认可。5、航拍照片原告是为了说明污染物不仅仅是原告方，但原告并没有否认其污染环境的行为，原告也有排放行为，这也印证我局处罚事实，只能说明排放污染物的可能还有其他主体，但不影响本案行政处罚，如我局后续发现还有其他污染主体，我局会做处理。6、本案不适用原告所举证的排放标准，原告方是无组织排放，因此不需要对有关数值进行监测，这也是有相应规定的。7、对电表电量，原告认为其发酵床是正常运转的，但我们不清楚发酵床在正常运转情况下，一天24小时需要多少电量，原告没有提供相应证据，对其与本案关联性不予认可，我们也不清楚该电表是否外接其他设备，不能充分证明原告所要证明的目的。8、对第2号公告，内容不持异议，但原告单位已经达到生猪存栏200头以上，证明被告处罚正确。
本院对上述证据认证如下：对各方当事人均不持异议的证据，本院依法予以认定。被告如东县环保局所提供证据是在行政执法过程中依职权制作或收集的，能够证明案件事实，对其关联性、合法性、真实性本院予以认定。
经审理查明：鑫老大公司成立于2011年7月27日，住所地如东县马塘镇王渡村3组，公司类型为有限责任公司，经营范围为山羊养殖、销售（依法须经批准的项目，经相关部门批准后方可开展经营活动），2016年12月原告将羊舍改为猪舍，并于2017年3月开始进行生猪养殖，同年8月24日补办生猪养殖场建设项目环境影响登记表备案手续。
2018年3月28日被告工作人员张小飞、于艳婷到鑫老大公司进行现场检查，现场检查情况为：养殖场内分东西两侧进行养殖，东侧养殖区内建有四间猪舍、一间异味发酵床、一间饲料间以及办公区，猪舍从东向西、从南向北依次编号为1至4号，猪舍内目前存栏母猪约60头、苗猪约50头、壮猪约860头，异味发酵床建有1800平方米（目前1200平方米的异味发酵床已投入使用），饲料间内安装有两台饲料搅拌机，现场堆放有袋装的玉米、豆粕、预混料等，1号猪舍北侧过道上堆放有泔水和豆腐渣；西侧养殖场区内建有七间猪舍、一间饲料间以及职工宿舍，猪舍从东向西、从南向北依次编号为5至11号，猪舍内目前存栏壮猪约1600头，饲料间内安装有两台饲料搅拌机，现场堆放有袋装的玉米、豆粕、预混料等。各猪舍地面下方均建有约25平方米的蓄粪池、蓄粪池上方盖有格栅板，猪舍四周外侧建有水泥明渠，1号、2号猪舍北侧过道下方地面建有约315立方米的蓄粪池，发酵床中间建有约228立方米的蓄粪池，5号、6号猪舍北侧过道下方地面建有约420立方米的蓄粪池，11号猪舍南侧过道上方约110立方米和下方建有约310立方米的蓄粪池，猪舍地面下方的蓄粪池内安装有刮粪板，通过刮粪板将养殖粪便从猪舍地面下方的蓄粪池排至过道下方的蓄粪池内，用水泵将过道下方的蓄粪池内的养殖粪便打至发酵床内处置，猪舍四周外侧的水泥明渠与蓄粪池相通，猪舍外墙底部有排口与明渠相通，排口用泥土进行封堵，刮粪板运行时有猪尿液冲散泥土、通过猪舍外墙底部排口排至明渠内，明渠南侧开有一个排口，排口通过塑料和水泥涵洞向南延伸至猪舍外南侧的一条东西走向的农田排水沟内，现场检查时发现有10个涵洞排口，排水沟内积存有大量的养殖粪便，排水沟向西延伸至南北走向的荡胜河中，执法人员按照技术规范分别在1号、2号猪舍外侧水泥明渠以及从东向西第二个涵洞排口附近的农田排水沟内采取水样一份。养殖臭气通过敞开的门窗和猪舍南侧建设的排风扇直排外环境，猪舍四周气味明显，现场检查时拍摄照片数张。原告法定代表人吴国贤在现场检查笔录上签字。
同日被告工作人员对徐留根进行调查。徐留根反映：我于2017年12月1日和吴国贤签订方租赁合同，租赁鑫老大公司东侧四栋猪舍从事生猪养殖，从事生猪养殖的投资为房租每年21万元，粪便处理费每年10万元，押金每年10万元，购进生猪花费48.8万元。
2018年3月29日，如东县公安局民警对徐留根进行询问，徐留根反映：2017年下半年岔河环境整治，我不好养猪了，就在鑫老大公司租了小半个厂区进行养猪，我一年给他租金21万元、猪粪处理费用10万元、保证金10万元，2017年12月1日签订的合同，合同签订之前我已经给了吴国贤41万元。猪舍围墙外的南侧水渠里的粪便是我们养猪场的猪粪，原因是发酵床起不了作用，养猪场化粪池里面都满了，从钢丝滑轮缺口溢出来流到水槽里，又从水槽流出到水渠里。一个星期前我发现猪舍的地漏板已经被猪粪浸掉了，化粪池里肯定满了，我就看到在猪舍南墙外地面上有六个缺口正在向外溢出猪粪便，它就直接流在水槽里，这个水槽是正常排雨水的，这样猪粪便就顺着水槽排到了围墙外的水渠里，而且向发酵床抽粪的水泵线路一个星期前就坏了，粪便就抽不出来了。发现这个情况后我立即向吴国贤汇报的，但是到现在为止没有处理，昨天才用泥土将这些缺口堵起来了。这些粪便向水渠里排放了四五天，我现在养了八百头猪，每天产生两三吨的粪便，共有八到十吨的猪粪排到了水渠里面。我没有及时处理的原因一是因为粪便处理就是吴国贤负责的，粪便应该由他处理，二是如果把缺口堵起来，我猪舍里的粪便肯定排不出去，就会都堆在猪舍里，对我养的猪肯定不利，我也就任由猪粪往那里排。吴国贤知道猪粪排到水渠再流向荡胜河。
2018年3月28日，如东县公安局民警对徐玉才进行询问，徐玉才反映：我在鑫老大公司负责发酵床的猪粪处理，养殖场的猪粪除了进发酵床，还有其他猪粪排到了风水沟，风水沟是通向荡胜河的。猪舍旁边开口子，把粪便排向荡胜河，这个现象应该是建猪舍的时候弄的。
2018年3月29日，如东县环境监测站出具（2018）环监（水）字第（085）号监测报告一份，检测结论为最东一栋猪舍南端水泥明渠内所取水样的化学需氧量浓度为68800mg/L,氨氮浓度为322mg/L，总磷浓度为1100mg/L；中间一栋猪舍南端水泥明渠内所取水样的化学需氧量浓度为30100mg/L，氨氮浓度为83.8mg/L，总磷浓度为223mg/L；围墙南农田排水沟（由东向西第二个排污管下）内所取水样的化学需氧量浓度为61500mg/L，氨氮浓度为108mg/L，总磷浓度为947mg/L。
2018年3月29日，被告如东县环保局决定对原告涉嫌违反《中华人民共和国环境保护法》、《中华人民共和国水污染防治法》、《中华人民共和国大气污染防治法》的行为立案查处。同日，被告如东县环保局作出了东环罚停产告字〔2018〕6号《责令停产整治、行政处罚事先（听证）告知书》、东环责改字〔2018〕7号《责令改正违法行为决定书》，告知书载明了拟作出行政处罚的事实和理由、依据及依法享有陈述申辩、听证的权利，并于次日送达原告。原告于2018年3月31日向被告如东县环保局提交听证申请，如东县环保局于2018年4月19日组织听证。2018年5月31日被告如东县环保局作出被诉行政处罚决定，该行政处罚决定书于2018年5月31日送达原告。原告不服，于2018年8月2日向本院提起行政诉讼，要求判如所请。
根据当事人诉辩主张及当庭陈述，本案的争议焦点是被告如东县环保局作出行政处罚决定是否合法？
本院认为，根据《中华人民共和国环境保护法》第十条第二款之规定，县级以上人民政府有关部门和军队环境保护部门，依照有关法律的规定对资源保护和污染防治等环境保护工作实施监督管理。故被告如东县环保局有对违反环境保护法律法规的违法行为的查处职责。
本案中，如东县环保局作出的被诉行政处罚决定合法，具体理由如下：
第一、被诉行政处罚决定认定的事实存在，证据确凿。被告如东县环保局于2018年3月28日对原告公司进行检查时东区的猪舍下的蓄粪池满溢后通过刮粪设施滑轮所在的洞口流入猪舍南端的水泥明渠，并通过该水泥明渠上的数个外排洞口，在排水沟上的数个管道排入南围墙外的排水沟，原告养殖场的养殖臭气通过敞开的门窗及排风扇直排外环境，根据被告如东县环保局对原告法定代表人吴国贤所作的现场检查（勘察）笔录及现场照片、如东县公安局对徐留根及徐玉才所作的询问笔录，结合如东县环境监测站所作的监测报告，证明被诉行政处罚认定的违法事实确实存在。
第二、被诉行政处罚决定认定被处罚主体正确。原告于2016年12月将羊舍改为猪舍，2017年4月开始新建猪舍及发酵床，徐留根租用原告的猪舍，向原告支付了猪粪便的处理费用，原告即负有合法处置猪粪便的义务。原告以公司名义办理了建设项目环境影响登记表备案手续，就应当在生产经营过程中接受环境保护主管部门的监管，出现违反环保法律法规的情形，环境保护主管部门有权对其进行处罚。
第三、被诉行政处罚决定适用法律正确。《中华人民共和国环境保护法》第四十二条第四款规定，严禁通过暗管、渗井、渗坑、灌注或者篡改、伪造监测数据，或者不正常运行防治污染设施等逃避监管的方式违法排放污染物。《中华人民共和国水污染防治法》第三十九条规定，禁止利用渗井、渗坑、裂隙、溶洞，私设暗管，篡改、伪造监测数据，或者不正常运行水污染防治设施等逃避监管的方式排放水污染物。原告符合上述不正常运行水污染防治设施导致污染物违法排放的情形。对于本案是否如原告所述应适用《畜禽规模养殖污染防治条例》的问题，本院认为，《畜禽规模养殖污染防治条例》第四十条明文规定“违反本条例规定，有下列行为之一的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，限期采取治理措施消除污染，依照《中华人民共和国水污染防治法》、《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》的有关规定予以处罚：……（二）从事畜禽养殖活动或者畜禽废弃物处理活动，未采取有效措施，导致畜禽废弃物渗出、泄露的”，根据该规定，本院认为被告如东县环保局适用《中华人民共和国水污染防治法》处理本案与《畜禽规模养殖污染防治条例》的相关规定并无冲突。《中华人民共和国水污染防治法》第八十三条规定，违反本法规定，有下列行为之一的，由县级以上人民政府环境保护主管部门责令改正或者责令限制生产、停产整治，并处十万元以上一百万元以下的罚款；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭：……（三）利用渗井、渗坑、裂隙、溶洞，私设暗管，篡改、伪造监测数据，或者不正常运行水污染防治设施等逃避监管的方式排放水污染物的。被告据此对原告作出要求停产整治并罚款人民币24万元的行政处罚符合法律规定。《中华人民共和国大气污染防治法》第七十五条规定，畜禽养殖场、养殖小区应当及时对污水、畜禽粪便和尸体等进行收集、贮存、清运和无害化处理，防止排放恶臭气体；第一百一十七条规定，违反本法规定，有下列行为之一的，由县级以上人民政府环境保护等主管部门按照职责责令改正，处一万元以上十万元以下的罚款；拒不改正的，责令停工整治或者停业整治：……（八）未采取措施防止排放恶臭气体的。被告根据上述规定责令原告改变违法行为，立即采取措施防止恶臭气体的排放并处罚款四万元并无不当。考虑原告两个违法行为，被告作出合并处罚的决定，不属于原告所述的一事二罚。
第三、被诉行政处罚决定程序合法。本案中，被告如东县环保局于2018年3月28日发现原告公司的违法行为，于2018年3月30日向原告送达了《行政处罚事先（听证）告知书》，告知其拟作出处罚的事实和依据，以及相应的陈述申辩和听证权利，原告在法定期限内向被告如东县环保局提出陈述申辩意见并要求听证，被告如东县环保局于2018年4月19日组织听证并于同年5月31日作出被诉行政处罚决定并依法送达原告，该程序符合法律规定，并无不当。
综上，被告如东县环保局作出的被诉行政处罚决定事实清楚、证据确实充分、适用法律正确、程序合法。据此，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十九条之规定，判决如下：
驳回原告南通鑫老大牧业有限公司的诉讼请求。
案件受理费人民币50元，由原告南通鑫老大牧业有限公司负担。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于江苏省南通市中级人民法院，同时向该院预交上诉案件受理费人民币50元（户名：江苏省南通市中级人民法院，帐号：46×××65，开户行：中国银行南通市濠南路支行）。
审　判　长　王华人民陪审员环爱云
人民陪审员　李　　　 美　　　 云
二〇一九年一月三十一日
书　记　员　宗　　　 美　　　 兰
附相关法律条文：
《中华人民共和国行政诉讼法》
第六十九条行政行为证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的，或者原告申请被告履行法定职责或者给付义务理由不成立的，人民法院判决驳回原告的诉讼请求。